Η Αιγαιακή Θράκη είναι ένας τόπος όπου η ακτή, η πεδιάδα και τα βουνά συναντώνται, δημιουργώντας ένα περιβάλλον που επέδρασε σημαντικά στην ανθρώπινη παρουσία για χιλιάδες χρόνια. Η αρχαιολογία της αντικατοπτρίζει αυτήν τη διαφορετικότητα: από τις μεγάλες παράκτιες πόλεις και τους μνημειώδεις τύμβους μέχρι τους διάσπαρτους αγροτικούς οικισμούς, τα υπαίθρια ιερά και τους περιβόλους από ξερολιθιά στα βουνά της Ροδόπης. Όλα αυτά τα αρχαιολογικά κατάλοιπα αποκαλύπτουν μια ζωντανή και δυναμική περιοχή, που διαμορφώθηκε τόσο από τις τοπικές θρακικές κοινότητες όσο και από τις σχέσεις της με τον ευρύτερο ελληνικό και ρωμαϊκό κόσμο.
Αυτό που κάνει την αρχαιολογία της Αιγαιακής Θράκης ιδιαίτερη είναι η συνεχής αλληλεπίδραση ανάμεσα στα ορεινά και τα πεδινά. Οι προσχωσιγενείς πεδιάδες και οι παράκτιες ζώνες αποτέλεσαν κέντρα εγκατάστασης, γεωργίας και εμπορίου, συνδεδεμένα στενά με τον αιγαιακό χώρο. Από την άλλη πλευρά, τα ορεινά προσέφεραν θερινά βοσκοτόπια, στρατηγικά σημεία, οχυρώσεις και ιερά που ρίζωναν στις θρακικές παραδόσεις. Οι δύο αυτές ζώνες δεν ήταν ποτέ αποκομμένες μεταξύ τους, αλλά λειτουργούσαν σε στενή αλληλεπίδραση. Τα ιερά στις κορυφές συνδέονταν άμεσα με τους οικισμούς των πεδιάδων, η κτηνοτροφία εξαρτιόταν από τη μετακίνηση ανάμεσα σε βουνό και κάμπο, ενώ οι μεγάλοι τύμβοι συχνά δέσποζαν σε μεταβατικά τοπία που συνέδεαν τις δύο ενότητες.
Αυτή η αλληλεπίδραση γέννησε μια κοινωνία βασισμένη στην κινητικότητα, τη διαπραγμάτευση και την προσαρμογή. Η Αιγαιακή Θράκη δεν ήταν ποτέ ένα στατικό «σύνορο» μεταξύ Ελλήνων και Θρακών ή αργότερα μεταξύ της αυτοκρατορίας και της περιφέρειας· ήταν ένας τόπος όπου η οικολογική και η πολιτισμική ποικιλία δημιούργησαν ένα μοναδικό αρχαιολογικό αποτύπωμα. Μέσα από αυτό, μπορούμε να κατανοήσουμε πώς τα τοπία κατοικήθηκαν, διαμορφώθηκαν και εν μέρει «επανεφευρέθηκαν» μέσα στον χρόνο.
Τα πρώτα ίχνη ανθρώπινης παρουσίας στην Αιγαιακή Θράκη ανάγονται στη Μέση Παλαιολιθική (200.000–35.000 π.Χ.), σε θέσεις όπου ανακαλύφθηκαν λίθινα εργαλεία και προσωρινές εγκαταστάσεις, κοντά σε πηγές και ποτάμια (Άρδας Έβρου, Μακροπόταμος Ροδόπης). Την εποχή αυτή οι άνθρωποι ήταν κυνηγοί τροφοσυλλέκτες. Ενώ δεν υπάρχουν μέχρι σήμερα στοιχεία για τη Μεσολιθική εποχή , έχουμε αρκετή πληροφορία για τη Νεολιθική Εποχή (7.000–3.200 π.Χ.) στην περιοχή. Τότε εμφανίζονται οι πρώτοι μόνιμοι οικισμοί, με γεωργία και κτηνοτροφία, ενώ η άνοδος της στάθμης της θάλασσας άλλαξε το τοπίο. Σε αυτή την περίοδο ανήκουν ο οικισμός της Παραδημής στην ΠΕ Ροδόπης, που χρονολογείται από το 5.000 π.Χ, καθώς και ο οικισμός της Διομήδειας στην ΠΕ Ξάνθης. Οικισμοί της Νεολιθικής περιόδου έχουν βρεθεί επίσης στην Μέση, στον Σώστη και στους Προσκυνητές Ροδόπης, στην Μάκρη του Έβρου, στο Μικρό Βουνί της Σαμοθράκης κ.α.
Οι οικισμοί αυτοί παραμένουν ενεργοί και στην Εποχή του Χαλκού (3.200 –1.500 π.Χ.). Στην Ύστερη Εποχή του Χαλκού (1.600–1.050 π.Χ.) αναπτύχθηκαν εγκαταστάσεις σε ορεινές και ημιορεινές θέσεις, που διαθέτουν φυσική οχύρωση ενισχυμένη με περιβόλους. Τέτοιες είναι οι ακροπόλεις Κρεμαστού στην Εργάνη και Αγ. Γεωργίου στη Μαρώνεια. Στην Εποχή του Σιδήρου (1050-700 π.Χ.), σύμφωνα με τη μέχρι τώρα έρευνα, ο αριθμός των θέσεων στην ορεινή Ροδόπη και τον Ίσμαρο αυξάνεται. Οι θέσεις είναι συνήθως ενισχυμένες με περιβόλους, ενώ διαπιστώνεται η εμφάνιση μεγαλιθικών κατασκευών και συγκρότηση τοπικών κέντρων εξουσίας. Σημαντικές θέσεις της εποχής εντοπίζονται στην Τσούκα της Σαρακηνής στη Ροδόπη, στον Βρυχό στη Σαμοθράκη, αλλά και σε παραποτάμιες και παράλιες θέσεις (Ρίζια, Πετρωτά, Μεσημβρία, Μάκρη). Μεγαλιθικοί τάφοι της Πρώιμης Εποχής Σιδήρου (ΠΕΣ) έχουν βρεθεί στη Ρούσσα, στο Γονικό, στην Κοτρωνιά και στα Κοίλα του Έβρου. Στην ΠΕΣ χρονολογούνται επίσης και βραχογραφίες, όπως αυτές της Ρούσσας και της Κίρκης.
Σύμφωνα με τις γραπτές πηγές, από τον 7ο αιώνα π.Χ. και μετά, Έλληνες άποικοι εγκαθίστανται στην Αιγαιακή Θράκη και τα νησιά του Θρακικού Πελάγους. Σε αυτή την περίοδο ανήκουν σημαντικές θέσεις, λιγότερο ή περισσότερο ανεσκαμμένες, όπως τα Άβδηρα, η Δίκαια παρ’ Άβδηρα, η Μαρώνεια, η Ζώνη, το Ιερό των Μεγάλων Θεών στη Σαμοθράκη. Κατά κανόνα βρίσκονται στην παράκτια ζώνη και όχι στην ενδοχώρα, ενώ φαίνεται ότι οι Έλληνες άποικοι ανέπτυξαν έντονη εμπορική δραστηριότητα. Η Θράκη γνώρισε την περσική κυριαρχία (τέλη 6ου -αρχές 5ου αι. π.Χ.), εντάχθηκε στην αθηναϊκή σφαίρα επιρροής με την Α’ και Β’ Δηλιακή Συμμαχία (5ος και 4ος αι. π.Χ.), κατακτήθηκε από τη Μακεδονία επί Φιλίππου Β΄(4ος αι. π.Χ.), ο οποίος ενίσχυσε την ορεινή περιοχή με οχυρά όπως αυτό της Καλύβας, και αργότερα από τους Ρωμαίους, οι οποίοι ίδρυσαν πόλεις όπως η Τραϊνούπολη, Πλωτινόπολη και η Τόπειρος. Η διέλευση της Εγνατίας Οδού ενίσχυσε τη στρατηγική σημασία της Αιγαιακής Θράκης για τα ρωμαϊκά στρατεύματα.
Κατά τους βυζαντινούς χρόνους, η Θράκη υπήρξε περιοχή κομβικής σημασίας για την άμυνα της αυτοκρατορίας. Εδώ ιδρύθηκε το «Θέμα Θράκης» (8ος αιώνας), ενώ η περιοχή υπέστη επιδρομές Ούννων, Σλάβων, Βουλγάρων και Νορμανδών. Οι παλιές ελληνικές αποικίες των θρακικών παραλίων συρρικνώθηκαν και κάποιες μετονομάστηκαν, όπως π.χ. η Μαρώνεια και τα Άβδηρα-Πολύστυλο. Το Παπίκιον όρος εξελίχθηκε σε σημαντικό κέντρο μοναχισμού. Από τον 14ο αιώνα η Θράκη καταλαμβάνεται από τους Οθωμανούς, με την Άλωση της Αδριανούπολης (1368/9) ως κομβικό γεγονός.
Στον 19ο αιώνα, η Θράκη αποτέλεσε πεδίο διαμόρφωσης συλλογικών ταυτοτήτων. Από τα μιλλέτ της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας αναδύθηκαν εθνικές συνειδήσεις, ιδιαίτερα μέσα από την ανάπτυξη σχολείων και τη δράση του ελληνικού στοιχείου. Στους Βαλκανικούς Πολέμους και τον Α΄ Παγκόσμιο πόλεμο, η Θράκη πέρασε διαδοχικά σε ελληνική, βουλγαρική και τουρκική διοίκηση, έως τη Συνθήκη της Λωζάννης (1923)
